옳은 길로..

온톨로지 모델을 생성하기 위해 다양한 도구를 사용할 수 있다.이중에 오늘 소개할 도구는Stardog이 제공하는 Designer이다.https://cloud.stardog.com/ Stardog Cloud cloud.stardog.com스타독에서 제공하는 플랫폼을 활용하면 그래프 형태의 데이터를 저장, 관리는 물론이고 온톨로지 모델 생성 및 그래프 탐색을 손쉽게 사용할 수 있다. 설치형을 통해 로컬 환경에 설치하여 사용하거나 간단한 회원가입을 통해 클라우드 환경에서도 사용을 할 수 있다.스타독은 기본적으로 RDF 모델을 사용하며 RDF-Star를 지원한다. 아래의 데모 영상은 영화 도메인을 주제로 영화, 영화인, 영화사에 대해 간단히 모델을 만들어 보는 과정을 기록하였다.이미 생성된 온톨로지 모델을 업로드..

코로나19 로 인해 대부분의 사람들이 백신을 맞았을 것입니다. 그 백신 중 하나로 아스트라제네카가 있죠. 펍켐에 등록된 AstraZeneca compound 1 를 찾아보니 이 화합물의 이름은 4-({5-Bromo-4-[(4-methoxyphenyl)amino]pyrimidin-2-yl}amino)benzoic acid 으로 나옵니다. 이 화합물에 대한 스마일스코드를 취득하여 그래프 형태로 나타내보면 어떨까요.. 우선 분자식은 위 그림과 같습니다. 그래프 형태로 바꾸면 좀 더 다이나믹하게 살펴볼 수 있겠군요.

깃을 통해 공동으로 작업을 하다보면 충돌 해결이라는 필수적인 과제를 안고 가야합니다. 여러분들은 어떻게 해결을 하시나요? 초고수시라면 커맨드라인에서 샤샤삭 처리를 하실 수도 있겠고 또한 초고수시라도 시각적 비교도구를 통해 느긋하게 처리를 하실 수도 있겠죠.. 뭐가 좋고 나쁨이 아니라 자기만의 스타일이라고 여겨집니다. 이 글의 목적은 제가 쓰고 있는 방법(?) 에 대해 짤막하게 공유하고자 합니다. 저는 "소스트리"와 "Meld"를 주로 사용합니다. 제 환경은 맥에서 주로 작업을 하는데 글을 쓰면서 M1에서도 테스트를 해보니 잘 동작을 합니다. 소스트리를 다들 잘 아실테고 "Meld"에 대해서 간단히 이야기하자면, Meld는 개발자를 대상으로 하는 시각적 비교 및 병합 도구입니다. Meld를 사용하면 파일,..

지난 글에서는 3D 그래프 탐험 영상을 소개하였다.https://joyhong.tistory.com/149 N_22. 3D 그래프 탐험이전에 작성한  블로그의 내용으로 만들어진 결과물을 3D 그래프로 표현.joyhong.tistory.com이번 글에서는 위와 같은 3D 그래프를 직접 만들어 보려고 한다.시각화 라이브러리는 3d-force-graph 라는 것으로https://github.com/vasturiano/3d-force-graph위 주소가 공식 깃 주소이다.  간단한 데모를 위해 도커 우분투 컨테이너 상에서nodejs, npm, express, 3d-force-graph를 설치하고 진행하겠다.노드와 npm이 설치되어 있거나윈도우 환경 또는 맥사용자는 각자의 환경에 맞게 nodejs와 npm을 설치..

이번 글에서는 igraph와 plotly를 활용하여 분자구조를 2D와 3D로 그려보도록 한다. 데이터는 지난 블로그에서 생성한 아스피린 분자구조 그래프 데이터를 활용한다. https://joyhong.tistory.com/150 Netwokx를 활용하여 분자구조 그리기 파이썬, 그래프 라이브러리를 활용하여 네트워크 그리기 기본 이해 NetworkX는 그래프와 네트워크를 연구하기위한 Python 라이브러리로서, BSD-new 라이센스에 따라 공개 된 무료 소프트웨어이다. 이 joyhong.tistory.com igraph는 파이썬, R, C 등의 언어로 네트워크 분석을 할 수 있는 도구이다. 공식 홈페이지 https://igraph.org/ igraph – Network analysis software i..