파이썬, 그래프 라이브러리를 활용하여 네트워크 그리기 기본 이해 NetworkX는 그래프와 네트워크를 연구하기위한 Python 라이브러리로서, BSD-new 라이센스에 따라 공개 된 무료 소프트웨어이다. 이 라이브러리를 통해 그래프를 그려볼 것이다. 공식 홈페이지는 아래와 같다. https://networkx.org/ RDKit은 RDKit은 C++ 및 Python으로 작성된 화학 정보학 및 기계 학습 소프트웨어 모음이다. 이를 활용하여 화학물질을 다룰 수 있다. 공식 홈페이지는 아래와 같다. https://www.rdkit.org/ SMILES 코드는 분자구조 화학식을 문자열로 변환하는 방법 중에 하나로 원자들의 화학 결합을 표현할 수 있다. 위키백과에 따르면 ASCII 문자열을 사용하여 화학종의 구조..
RDF 형태의 데이터를 시각화하는 라이브러리는 여러 가지가 있습니다. 이 앞전에는 graph-notebook 이라는 라이브러리를 사용하여 간단하게 그려볼 수 있었는데 보다 상세하고 다이나믹한 그래프를 그리기 위해서 vis.js를 기반으로 사용하고 있는 pyvis 라는 라이브러리를 사용하고자 합니다. 큰 흐름은 시각화를 위한 데이터 추출, 노드와 에지 생성, pyvis로 시각화 하는 단계를 거칩니다. 사용하는 라이브러리 pyvis 0.1.9 (https://pyvis.readthedocs.io/en/latest/ (https://pyvis.readthedocs.io/en/latest/)) 필수적으로 설치가 되어 있어야 하는 라이브러리 RDFLib, SPARQLWrapper 전체 소스는 아래 링크에 있습니다..
RDF 형태의 데이터는 주어-술어-목적어 이렇게 트리플 구조를 가지고 있기 때문에 이들을 연결하면 그래프 형태로 표현이 됩니다. 이러한 특징으로 인해 그래프 형태로 visualization이 가능한데, 그래프로 그리기 위한 여러가지 라이브러리들이 존재합니다. 그 중에서 간단하게 사용할 수 있는 graph-notebook 이라는 라이브러리가 있습니다. graph-notebook은 그래프 데이터베이스에 질의하여 결과를 가져올 수 있는데 SPARQL,Gremlin, Cypher 언어를 지원합니다. 이 중에서 우리는 RDF를 사용하기 때문에 SPARQL언어를 사용하여 SPARQL Endpoint에 질의하여 결과를 그래프로 표현해보도록 하겠습니다. SPARQL은 로컬에 구성한 Endpoint로 질의를 하거나 다른..
SPARQL Endpoint를 제공하는 곳이 있으면 SPARQL 을 통해 원하는 데이터를 웹상에서 가져올 수 있다. 이전 내용(https://joyhong.tistory.com/144) 에서는 Fuseki를 활용하여 간단하게 SPARQL Endpoint를 구성해 보았는데 로컬에 SPARQL Endpoint를 구성하고 여기에 질의를 해보는 내용을 기술하였다. 사용하는 라이브러리는 SPARQLWrapper와 RDFLib 이다. SPARQL Endpoint에 질의하기SPARQL Endpoint를 제공하면 웹상에서 자유롭게 질의를 하여 결과를 받아 올 수 있다. 이 전에 Fuseki를 활용하여 간단하게 SPARQL Endpoint를 구축하였는데, 이를 활용하여 테스트를 진행한다. 다양한 형태의 SPARQL을 구..
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