옳은 길로..

주어진 글들에 존재하는 단어들의 동시 출현 관계를 통해 해당 글이 어떤 의미를 말하고 있는지를 파악해보면 재미있을 것 같았다. 그래서 단어, 정확히는 명사의 출현을 통해 간단히 파악할 수 있도록 구성하였다. 문장에 나타나는 명사들의 출현 거리가 가까우면 그만큼 의미있는 단어들일 것이고, 거리가 멀면 큰 관계가 없다는 전제하에 진행된다. 텍스트는 "세이노의 가르침" 이 PDF 로 무료 배포 되고 있어 이를 활용하였다. https://blog.naver.com/PostView.naver?blogId=dayonepress&logNo=223064751876&categoryNo=11&parentCategoryNo=-1&viewDate=&currentPage=&postListTopCurrentPage=&isAfte..

이번 글에서는 igraph와 plotly를 활용하여 분자구조를 2D와 3D로 그려보도록 한다. 데이터는 지난 블로그에서 생성한 아스피린 분자구조 그래프 데이터를 활용한다. https://joyhong.tistory.com/150 Netwokx를 활용하여 분자구조 그리기 파이썬, 그래프 라이브러리를 활용하여 네트워크 그리기 기본 이해 NetworkX는 그래프와 네트워크를 연구하기위한 Python 라이브러리로서, BSD-new 라이센스에 따라 공개 된 무료 소프트웨어이다. 이 joyhong.tistory.com igraph는 파이썬, R, C 등의 언어로 네트워크 분석을 할 수 있는 도구이다. 공식 홈페이지 https://igraph.org/ igraph – Network analysis software i..

파이썬, 그래프 라이브러리를 활용하여 네트워크 그리기 기본 이해 NetworkX는 그래프와 네트워크를 연구하기위한 Python 라이브러리로서, BSD-new 라이센스에 따라 공개 된 무료 소프트웨어이다. 이 라이브러리를 통해 그래프를 그려볼 것이다. 공식 홈페이지는 아래와 같다. https://networkx.org/ RDKit은 RDKit은 C++ 및 Python으로 작성된 화학 정보학 및 기계 학습 소프트웨어 모음이다. 이를 활용하여 화학물질을 다룰 수 있다. 공식 홈페이지는 아래와 같다. https://www.rdkit.org/ SMILES 코드는 분자구조 화학식을 문자열로 변환하는 방법 중에 하나로 원자들의 화학 결합을 표현할 수 있다. 위키백과에 따르면 ASCII 문자열을 사용하여 화학종의 구조..

이전에 작성한 블로그의 내용으로 만들어진 결과물을 3D 그래프로 표현.

RDF 형태의 데이터는 주어-술어-목적어 이렇게 트리플 구조를 가지고 있기 때문에 이들을 연결하면 그래프 형태로 표현이 됩니다. 이러한 특징으로 인해 그래프 형태로 visualization이 가능한데, 그래프로 그리기 위한 여러가지 라이브러리들이 존재합니다. 그 중에서 간단하게 사용할 수 있는 graph-notebook 이라는 라이브러리가 있습니다. graph-notebook은 그래프 데이터베이스에 질의하여 결과를 가져올 수 있는데 SPARQL,Gremlin, Cypher 언어를 지원합니다. 이 중에서 우리는 RDF를 사용하기 때문에 SPARQL언어를 사용하여 SPARQL Endpoint에 질의하여 결과를 그래프로 표현해보도록 하겠습니다. SPARQL은 로컬에 구성한 Endpoint로 질의를 하거나 다른..